合金弹头6也是合金弹头系列相当精彩的一部，因为本作是承接的合金弹头3展开。游戏中在画面表现上有进一步的强化，同时游戏品质也得到相当提升，整体上被认为是回归2、3代水准的一作。新增了武器携带选项及可选人数、特殊能力等，使该作口碑得到了不错的反响。
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游戏开始时，需要点击左上角的“免费投币”按钮进行投币，投币后才能开始游戏，然后点击“开始”。游戏的操作极为简单，通过下方的虚拟按钮进行操控，p 键用于投掷手榴弹，b 键用于开枪，a 键用于控制主角跳跃。
游戏在原有操作方式的基础上新增了武器更换键，并且通过特殊攻击键与攻击键组合，可使用原本靠近敌人才能进行的近战攻击，而克拉克和拉尔夫可以通过↑+特殊攻击键+攻击键使用其必杀技。此外，特殊攻击键+投掷手榴弹键可以让角色丢弃现装备的特殊武器。
合金6的情节是在合金3之后，本来主角们扔掉枪械后，本应就结束了，但是一颗来自外太空的陨石砸到了地球上。其实这并不是陨石，而是一艘外星人的飞船，被称为入侵者也被叫做金星人。是来猎杀火星人的，因为它们得知火星人最厉害的武器火星之根毁灭了，所以入侵者在得知这个消息后就对火星人发动了进攻。
火星人由于没有了自己的火星之根，对这些入侵者是一点办法都没有，无奈的它们只能再次找到摩登提出合作。但是摩登被火星人坑了那么多次，怎么可能再和它们合作呢，于是火星人给了摩登一个不得不合作的理由，那就是如果火星人被消灭了，那么入侵者会放过地球吗，摩登一想也是，就答应了合作，帮助火星人复活火星之根。
另一边正规军的情报部门一直收到一些难以置信的消息，未知不明飞行物体，外星人，大型生物的目击情报等等，所幸这里没有出现什么人员的被害报告。不过正规军害怕这又是摩登和火星人搞出来的，所以就加紧了情报的收集，终于在某天情报部送来了决定性的信息，那就是摩登的叛军们在收集兵器并建起了村落，就潜伏在山岳地带。但是并没有发现摩登本人的踪影，就连这些叛军收集兵器建村落的目的是什么也不知道，为了搞清楚这件事的真相，正规军又把主角小队派了出去并且还给了他们两个新的队员拉尔夫和克拉克。
主角们在集结后就向山区进发了，在这里主角们首先遇到了叛军们驾驶着一辆非常先进的挖掘机进行作业，叛军们看到主角后也是驾驶着挖掘机向主角进行攻击，不过最后还是倒在了主角们的手中。
击败挖掘机后主角们继续前进，在打败了一辆大型火箭战车后，主角们终于见到了摩登还有火星人，果不其然摩登又和火星人搞在了一起，就在这时火星人趁主角们一个不注意就把主角给绑了起来。
正在主角想办法脱困时，突然来了一群其他的外星生物也就是入侵者把火星人给抓走当口粮吃了，不过这些入侵者并没有对主角和摩登下手，在抓到火星人后就飞走了。
我们的主角们在询问完摩登后也把事情给搞清楚了，原来摩登联合火星人并不是想在地球上搞事情，而是想击败这些入侵者，保卫地球的安全。既然事情都弄清楚了，那就联合起来一起反击入侵者吧，就这样主角的小队、摩根的反叛军和火星人就一起向入侵者的基地进发了。
说起来也奇怪，正规军好像对这些事一点也不上心，就派出了主角这一支小队，剩下的武器什么的都是反叛军提供的。这就感觉正规军是在明目张胆的划水啊，你们觉得呢?
我们回归正题，主角一行人在击败一个有着人工大脑的大型机器人和海虫后最终来到了入侵者的隐藏基地，一个地底洞穴。
在这里他们碰到了正在沉睡的入侵者首领也叫入侵者皇后，只要把皇后给消灭掉那么入侵者就可以宣布凉凉了，于是主角们联合叛军趁着皇后还没醒来的时候将其摧毁了。
但是让谁也没想到的是，入侵者皇后并没有死，它出来后直接将里面所有的叛军给杀掉了，最后只剩下主角们和入侵者皇后单挑。最终经过一场艰难的斗争后，把入侵者皇后给打入了地底。
不过入侵者掉下后发生了爆炸，威力巨大的冲击波将主角给震了下去。在关键时刻摩登驾驶着火星人送给自己的飞船把主角给救了上来。
